Alternativ und viel häufiger kommt die Entkeimungsfiltration mit sterilem Fil*trationsvorsatz und einer Porenweite von 0,22 µm zum Einsatz. Zur Filtration von wässrigen Lösungen wird ein hydrophiler Membranfilter aus Celluloseacetat, Polyethersulfon oder Polyamid verwendet, für ölige ein hydrophober PTFE-Membranfilter. Bedingt durch die erhöhte Viskosität öliger Augentropfen ist die Entkeimungsfiltration nicht ganz einfach. Viren werden durch diese Filter nicht zurückgehalten.
Für die Entkeimungsfiltration empfiehlt sich die Verwendung von Spritzen mit Luer-Lock-Adapter, auf die der Filter aufgeschraubt werden kann, da dies einen guten Halt des Filters auf der Spritze gewährleistet (Abbildung 1). Nach dem Aufsetzen des Filters ist eine frische Kanüle zu verwenden.